Em pouco tempo, Barbara se tornou o assunto da cidade, aparecendo em capas de revistas e programas de rádio. Nesse ínterim, ela continuou escrevendo e lançou seu próximo romance, The Voyage of the Norman D, em 1928, que também foi amplamente aclamado e a marcou como uma força literária a ser reconhecida, apesar de sua tenra idade. Infelizmente, nesse mesmo ano ela perdeu um pouco de seu brilho quando seu pai, de quem era muito próxima, trocou sua mãe por outra mulher, deixando também um buraco em sua vida e talvez em sua alma. A ausência do pai em sua vida privou Barbara de sua vontade de escrever; na verdade, ele tinha sido em muitos aspectos sua inspiração, o auge de sua carreira foi alcançado aos 14 anos e decaiu rapidamente. Passava o maior tempo trancada em seu quarto fazendo barulho em sua máquina de escrever, não tinha amigos de verdade como as outras crianças, ou uma infância normal, Barbara não tinha nenhum apoio real exceto o da mãe dela. Sua vida havia sido consumida por escrever; era tudo que ela tinha. Sem sua escrita, ela caía cada vez mais em uma depressão profunda, a garota escreveu sobre esta época sombria e deprimente:
Meus sonhos estão passando por suas rajadas de morte. Eu pensei que eles estavam todos enterrados em segurança, mas às vezes eles se mexem em seus túmulos, fazendo meu coração doer. Não quero dizer nenhum sonho em particular. Eles estão morrendo diante dos dardos de aço e flechas de um mundo de Tempo e Dinheiro.
Quando completou 16 anos, Barbara se mudou para Nova York com sua mãe, a vida foi muito difícil. Foi durante a Grande Depressão, e seu pai pouco fez para fornecer-lhes qualquer apoio financeiro. Ela conseguiu um emprego como secretária e, embora continuasse a escrever até certo ponto, a inspiração simplesmente não existia mais e ela não conseguiu publicar nada. Ela não encontraria nenhuma felicidade real até 1931, quando conheceu um homem chamado Nickerson Rogers, que compartilhava de seu amor pela vida ao ar livre e com quem ela se casaria mais tarde. Por um tempo os dois se aventuraram em excursões de mochila por toda a Europa e caminhando pela Trilha dos Apalaches de Katahdin até a fronteira de Massachusetts, antes de finalmente se estabelecerem em 1934 no Brookline, Massachusetts. Seu casamento começou a se deteriorar lentamente e ela também começou a suspeitar que Rogers a estava traindo. À medida que seu casamento se desintegrava, Barbara parou de escrever por completo. Então, na noite de 7 de dezembro de 1939, com apenas 25 anos, ela e Rogers tiveram uma discussão e ela saiu do apartamento que compartilhavam.
Na época, não levara nada além do caderno, tinha pouco dinheiro consigo e era de se esperar que voltasse depois de se acalmar, mas nunca o fez. Estranhamente, só 2 semanas depois Rogers chamaria a polícia, o que ele alegou ser porque estava esperando pacientemente que ela voltasse. Após 4 meses de seu desaparecimento ele finalmente solicitaria que um boletim de pessoa desaparecida fosse divulgado usando o nome de casada de Barbara, "Rogers", um nome com o qual a maioria das pessoas não estava familiarizada. Se as pessoas soubessem que se tratava da criança prodígio Barbara Newhall Follett, poderia ter havido mais respostas.
Só em 1966 a imprensa perceberia e realmente levaria o desaparecimento aos olhos do público, mas àquela altura, Barbara já havia partido há muito tempo, estando desaparecida há duas décadas. Em todo esse tempo, nenhuma pista chegou, e sua família fez o que pôde para encontrá-la, mesmo com seu pai distante escrevendo um artigo no The Atlantic implorando para que voltasse para casa, mas ela nunca o fez. A mãe de Barbara começou a suspeitar que Rogers teve algo a ver com isso, em 1952 escreveu para ele:
Todo esse silêncio de sua parte parece que você tem algo a esconder sobre o desaparecimento de Barbara. Você não pode acreditar que ficarei ociosa durante meus últimos anos e não farei todo o esforço possível para descobrir se Bar está viva ou morta, se, talvez, ela esteja em alguma instituição sofrendo de amnésia ou colapso nervoso.
No entanto, Rogers nunca foi investigado como suspeito do desaparecimento. Supunha-se que ela simplesmente desistiu de sua vida e partiu para começar uma nova em outro lugar, se livrando de sua antiga identidade e antiga fama para começar uma vida nova. No entanto, se fosse esse o caso, por que ela havia saído com nada além de um caderno e as roupas do corpo? Há indícios em seus trabalhos anteriores que mostram que ela estava de certa forma apaixonada pela ideia de desaparecer, então talvez fosse uma ideia romântica para ela e finalmente decidiu ir em frente com isso. Por exemplo, Barbara escreveu assustadoramente em seu romance The House Without Windows:
Ela seria invisível para sempre para todos os mortais, exceto para aqueles poucos que têm mentes para acreditar, olhos para ver. Para eles, ela está sempre presente, o espírito da Natureza - uma fada do prado, uma náiade dos lagos, uma ninfa dos bosques.
O que aconteceu com ela e para onde ela foi? Ninguém tem respostas, nenhuma pista jamais foi encontrada, nem nenhum corpo.