Em 4 de março, o Padre Kunz foi encontrado no corredor da escola perto de seu modesto aposento em uma das salas de aula, morto em uma poça de sangue aos pés de uma estátua de São Miguel Arcanjo, com a garganta cortada de orelha a orelha e lesões esportivas por todo o corpo que pareciam indicar que ele havia entrado em um confronto bastante violento. As portas do prédio estavam trancadas, não havia sinais de entrada forçada e também não havia vestígios de quem teria cometido um crime tão horrível. Enquanto as autoridades investigavam, o caso estava em todos os noticiários.
As autoridades investigaram os antecedentes do padre em busca de pistas sobre qual poderia ter sido o motivo e descobriram um pântano de pistas estranhas e possivelmente conspirações orbitando tudo sombriamente. O próprio Kunz fora um homem muito conservador e antiquado. Ele era conhecido por reger todas as suas missas estritamente em latim, apesar do fato de que essa prática havia sido abandonada, e por defender as crenças católicas tradicionais. Ele era um seguidor estrito dos Dez Mandamentos e um especialista em direito canônico, dando muito pouca margem de manobra a qualquer coisa que se desviasse, mesmo que ligeiramente, das Escrituras. Ele estava na paróquia há mais de 30 anos e era conhecido como um incendiário e inimigo declarado da corrupção e do abuso sexual dentro da Igreja Católica, frequentemente apresentando relatórios relacionados a quaisquer crimes percebidos. Também viria à tona que Kunz acreditava firmemente em demônios e exorcismos, tendo se envolvido em vários exorcismos secretos que não foram tolerados ou autorizados pela igreja.
A polícia investigava esse ângulo exorcista entrando em contato com um associado próximo de Kunz e uma figura controversa dentro da igreja de nome Malachi Martin, que compartilhava das visões de seu amigo sobre um diabo literal e forças demoníacas que buscam corromper a humanidade. Quando entrevistado, Martin não perdeu tempo em afirmar que os luciferianos, basicamente adoradores de Satanás, eram ativos na igreja e buscavam se infiltrar em suas fileiras, conseguindo até penetrar no Colégio dos Cardeais. De acordo com Martin, esses Luciferianos foram perturbados por uma série de exorcismos que Kunz realizou nas semanas que antecederam sua morte, e o matou como parte de um ritual e um esforço para fazer dele um exemplo. Martin afirmou que Kunz estava lhe dizendo que temia que sua vida estivesse em perigo e que ele estava sendo seguido por essas forças nefastas. O que reforçou de alguma forma essas afirmações foi uma mutilação ritualística de gado realizada a apenas 15 milhas da igreja de Kunz um dia antes de seu assassinato. De forma bastante sinistra, apenas um ano depois, Martin morreria em circunstâncias misteriosas ao cair de um banquinho em seu apartamento em Manhattan, apenas 4 dias após realizar um exorcismo em uma menina de 4 anos. Coincidência ou não? Quem sabe?
Além das forças satânicas sombrias, outra possibilidade era que Kunz tinha mexido com certas pessoas importantes dentro da igreja. Acontece que não muito antes de sua morte, Kunz foi escalado para expor as acusações de abuso sexual cometidas por alguns padres da diocese de Springfield, Illinois, em 7 de março, apenas três dias após seu assassinato. Poderia haver pessoas dentro da igreja que estariam interessadas o suficiente em impedir esse testemunho e teriam assassinado Kunz? Outro ângulo possível foi que a morte de Kunz pode ter sido causada por um roubo que deu errado. St. Michael's tinha sido roubado em várias ocasiões antes, na verdade, tinha sido roubado apenas alguns meses antes da morte de Kunz, e era sabido que o padre mantinha um estoque de cheques não sacados nas instalações.
Outras possibilidades também foram examinadas. A diretora do St. Michael's, Maureen O'Leary, teve permissão para pegar o Rolex de Kunz após sua morte, mas se recusou a entregá-lo quando as autoridades solicitaram, e ela também afirmou que Kunz tinha estado em uma discussão acalorada com alguém no telefone pouco antes de sua morte. A polícia nunca foi capaz de acusá-la de nada. Também foi descoberto que Kunz era uma espécie de bad boy, considerando suas crenças tradicionais. Muitas mulheres na paróquia se apresentaram para acusá-lo de assédio sexual. Havia também uma vidente chamada Mora Smith, que abordou a polícia com alguns detalhes incrivelmente precisos sobre o crime, bem como a revelação de que ela tinha recebido uma visão de que ele seria “silenciado” a ponto de ser considerada suspeita, mas nunca houve nada de concreto que a ligasse ao crime. O namorado de Smith, Len Snowden, também foi investigado, mas novamente não havia nada que pudesse prendê-lo. A polícia também investigou o homem que havia encontrado o corpo de Kunz, um professor do St. Michael's chamado Brian Jackson, que estava em conflito com o padre morto há algum tempo, mas ele nunca foi preso em conexão com o caso. Os motivos parecem não faltar para o crime, o detetive do condado de Dane, Kevin Hughes, diria: “Os motivos estão por toda parte, desde ciúme, poder e controle até traição e medo de ser exposto.”